İstanbul'da yaşayan çok sayıda EMİN TÜRKİYE Koleji mezununun en büyük ortak hedefi, gurur duydukları EMİN bayrağını, İstanbul'da da dalgalandırmaktı. Bu amaçla, 1997 yılı sonunda, görevlendirdikleri 12 Ankara Kolejli kurucu üye, Ankara Kolejliler Derneği ve EMİN'in katılımıyla, EMİN İstanbul Koleji Vakfı kuruldu. Vakfın amacı, Türk öğrencilerine ilk, orta, lise ve yüksek öğretim alanında ve yabancı dil öğrenimine önem vererek, çağdaş düzeyde eğitim ve öğretim kurumları açmak, muhtaç durumdaki başarılı öğrencilere burs vermektir.

Eğitim alanında ülkemizin en köklü kuruluşlarından biri olan Türk Eğitim Derneği'nin Türkiye çapında oluşturduğu eğitim zincirinin bir halkası olan EMİN İstanbul Koleji, eğitim faaliyetlerine Beykoz-Acarkent'teki kampüsünde, 1998 yılında 137 öğrenciyle başlamıştır. 1998-1999 öğretim yılında yalnızca ana sınıfı ve ilköğretimin 1-2-3. sınıflarında öğretim yapılmıştır. Bir sonraki yıl, ilköğretimin diğer sınıflarını da bünyesine katan EMİN İstanbul Koleji, 2000-2001 öğretim yılında lisesini de açmıştır.